Малафеев женился в третий раз. Серебряная медалистка Олимпиады-2020 Шкатова младше экс-вратаря «Зенита» на 21 год
Избранницей экс-вратаря «Зенита» и сборной России стала 24-летняя гимнастка Ангелина Шкатова, серебряная медалистка Олимпиады в Токио, которая младше Вячеслава на 21 год.
Помимо серебра Олимпиады у Шкатовой три золота чемпионата мира по художественной гимнастике и три золотых медали чемпионата Европы.
45-летний Малафеев был женат дважды. В первом браке с Мариной Безбородовой у них родилось двое детей – сын Максим и дочь Ксения. В 2011 году женщина скончалась в результате ДТП.
Спустя год Малафеев женился на диджее из Петербурга Екатерине Комяковой. В их союзе появился сын Алекс. В 2023 году Вячеслав развелся со второй женой.