Если ГПД признали трудовым, надо заплатить НДФЛ
Налоговый агент, не исполнивший своего обязательства по исчислению и удержанию НДФЛ, должен уплатить его за свой счет. Оснований для уменьшения налоговой базы для таких случаев НК РФ не предусмотрено.