Есть ли возможность аннулировать ранее переданный по ТКС счет-фактуру - решает оператор

Нормативные акты вопрос такого аннулирования не предусматривают. Техническую возможность ликвидировать правовые последствия ранее выставленного счета-фактуры может предоставить оператор ЭДО.