26 марта 44-го года Киверский встретился с советским генералом Сергеевым и договорился о взаимодействии своей дивизии с частями Красной Армии. В оперативных вопросах 27-я Волынская дивизия АК переходила в распоряжение советскому командованию, но пользовалась определенной свободой действия, и верховное командование ей сохранялось за Коморовским. Впоследствии, при совместном штурме Ковеля дивизия понесла значительные потери и перестала существовать как боевая единица, одна ее часть влилась в армию Берлинга, а другая ушла партизанить на западный берег Буга.

Намного более драматично развивались события в Белоруссии и Виленском крае. Трехлетняя оккупация породила клубок политических проблем, в котором переплелись интересы белорусов, поляков, немцев и Советского Союза. Значительная часть белорусов ориентировалась на Москву, другие смотрели в сторону Польши, а некоторые поставили на создание независимого государства при содействии Германии.

Позиция поляков также была далеко не однозначна. После прихода немцев, во многих местах Западной Белоруссии к власти вернулись представители старой польской администрации. В то же время, с самого начала оккупации «Всходних Кресов» (польское название Западной Белоруссии) действовавшие там против большевиков части АК переключились на борьбу с нацистами. Однако, это не мешало районному командованию Армии Крайовой сотрудничать с белорусскими коллаборационистами, а иногда и с немецкой администрацией.

Тем не менее, до 43-го года аковцы довольно мирно сосуществовали рядом с советскими партизанскими отрядами, столкновения с которыми носили эпизодический характер. Но, после того, как правда о Катынской трагедии стала достоянием гласности, отношения между АК и партизанами советской ориентации резко испортились. Первые столкновения начались в Нарочанской партизанской зоне. Когда в руки командира советского отряда попала польская газета с подробным описанием события в Катыни, он объявил статью «поклепом на героический советский народ» и приказал напасть на ближайшее подразделение Армии Крайовой.

Партизаны смогли разоружить аковкий отряд Бижунского («Кмитица»), командование которого было сразу же расстреляно. В ответ на это отряд поручика Зигмунда Шенделяжа («Лупашка»), на базе которого вскоре была сформирована 5-я Виленская бригада АК, нанес несколько крупных ударов по партизанам. Между Армией Крайовой и советскими партизанами началась настоящая война, которой не преминули воспользоваться немцы, предложившие аковскому командованию района Вильно помощь оружием, боеприпасами и продуктами питания.

После Тегеранской конференции, на которой союзники фактически узаконили передачу Москве оккупированной ей в 39-м году территории Второй Речи Посполитой, пребывание частей АК в Западной Белоруссии и на Виленщине утратило всякий смысл. Тем не менее, Коморовский приказал командованию этих районов оставаться на месте и вести борьбу на два фронта – с немцами и большевиками. Однако, вскоре командование Новогрудского района заключило с немцами нечто вроде пакта о ненападении, а гестапо, случайно арестовав во время облавы в Вильнюсе поручика «Лупашку», вместо того, чтобы расстрелять его, как это было бы еще полгода назад, стало вести с ним переговоры о совместных действиях против партизан, после чего отпустило на все четыре стороны.

Тем не менее в начале лета 44-го, когда советские части вот-вот должны были достигнуть Вильнюса, Тадеуш Бур-Коморовский решил освободить этот город своими силами, поставив Красную Армию и западных союзников перед свершившимся фактом. План операции был разработан майором Матеем Колянкевичем, возглавлявшим Намнеманское соединение АК. Операция «Ostra Brama» («Вострая Брама» -- польское и белорусское название ворот Аушрос, национальной святыни трех народов, расположенной в центре литовский столицы ) предусматривала совместные действия подразделений АК Виленского и Новогрудского районов.

12 июня 44-го года командующий районом АК Вильнюс полковник Александр Крижановский («Вильк») прибыл в Варшаву. Там он доложил Коморовскому подробности плана и получил санкцию на его проведение. Пока аковцы готовились в захвату города, фронт Черняховского быстро приближался. 4 июля Красная армия освободила Сморгонь и теперь находилась всего в 70 километрах от Вильнюса. Советское наступление было настолько стремительным, что полковник «Вильк» перенес начало операции с 10 на 7 июля. Но тут возникли непредвиденные трудности.

Часть отрядов АК (в том числе и 5-я бригада «Лупашки») отказалась участвовать в операции, опасаясь столкновений с войсками Черняховского. В конце концов, к моменту начала штурма у полковника Крижановского имелось всего немногим более 4 тысяч человек из 16 тысяч солдат и офицеров обоих районов. Им противостояли 17400 человек Вильнюсского гарнизона вермахта. Кроме того, германское командование города располагало 60 танками, 270 орудиями, тактической авиацией и десантным подразделением численностью в 600 человек. Операция «Вострая Брама» была заранее обречена на провал и, по сути, являлась политической и военной авантюрой.

В 3 часа утра 6 июля 1944 года войска полковника «Вилька» пошли на штурм Вильнюса. Немцы встретили аковцев шквалом огня, и все атаки поляков потонули в крови. Через сутки Крижановский прекратил бессмысленное истребление своих людей, отдав приказ отходить на исходные позиции. В тот же день, 7 июля, отступающие части АК увидели первые советские танки – на подступы к городу прорвалась 5-я гвардейская танковая армия генерала-лейтенанта Ротмистрова. Через два дня Красная Армия полностью окружила немецкий гарнизон. Некоторые отряды аковцев присоединились к советским частям и вместе с ними пошли на штурм Вильнюса, но в общем отношения между АК и русскими с первых же дней стали портиться.

12 июля, докладывая Коморовскому обстановку под Вильнюсом, «Вильк» сообщил, что его отрядам грозит опасность. Полковник Крижановский не знал, как скоро оправдаются его опасения, и пока решил оставаться под Вильнюсом до дальнейших распоряжений Коморовского и в случае необходимость взять под защиту польское население города. Он рассчитывал, что советское командование позволит его создать на базе Виленского и Новогрудских районов АК армейский корпус. «Вильк» также не знал, что его судьба и судьба всей Армии Крайовой уже давно решена, и что весь штаб района АК Вильнюс нашпигован советскими разведчиками, следящими за каждым шагом подполковника.

17 июля полковника Александра Крижановского наконец пригласили в штаб 3-го Белорусского фронта на встречу с Черняховским. Но, при входе в здание штаба он был арестован и вскоре вывезен в Москву, а затем в лагерь под Рязанью. Весной 1947 года «Вильк» бежал из лагеря, добрался до Вильнюса, пришел в польское консульство и заявил протест против условий содержания пленных офицеров Армии Крайовой. Там он был арестован, выдан МГБ и вновь отправлен в Рязань. 4 ноября 47-го года советские власти передали Крижановского и других офицеров АК правительству ПНР.

«Вильк» был арестован, как только сошел с поезда в Варшаве. Берут хотел использовать полковника для состряпанных им вместе с советскими офицерами МГБ политических процессов, но 29 сентября 1951 года Крижановский умер в тюрьме при невыясненных обстоятельствах и был похоронен в безымянном могиле под кладбищенской стеной. В 1957 году оставшиеся в живых аковцы добились эксгумации полковника и устроили достойные его звания и заслуг в борьбе с фашизмом похороны на военном кладбище в Варшаве.

В тот же вечер, 17 июля 1944 года НКВД без единого выстрела захватило все командование Виленского района АК и разоружило вверенные им части. Всего было захвачено около 70 офицеров и более 6 тысяч солдат, которых сперва собрали в лагере под Медининкаем, а потом эшелонами отправили в Калугу и Рязань. Только немногим аковцам удалось уйти в лес или присоединиться к Берлингу.