Дебютом в режиссерской карьере Федора Бондарчука стал художественный военный фильм «9 рота», выпущенный в прокат в две тысячи пятом году. В нем рассказывается о войне в Афганистане в конце восьмидесятых, когда солдаты, еще мощной, но уже подходившей к концу своего жизненного пути, сверхдержавы СССР, в течение девяти лет, подчиняясь высшим интересам своей родины – отдавали жизни на чужой территории, можно даже сказать – в совершенно другом, мусульманском мире. Эта война стала последним крупным военным действием, проведенным СССР, и имеющим характер – захвата новых территорий. Цель была проста и в то же время важна как в стратегическом, так и в экономическом плане. Захват Афганистана гарантировал получение безопасной границы с юга, плюс – контроль над территорией, которая не одну сотню лет служит объектом пристального внимания других стран – потенциальных противников.

Действо картины концентрируется на небольшой группе призывников-«срочников»: Воробье (Алексей Чадов), Чугуне (Иван Кокорин), Стасе (Артем Михайлов), Джоконде (Константин Крюков), Рябе (Михаил Евланов) и Лютом (Артуре Смольянинове), которым «посчастливилось» попасть в роту, направляющуюся после «учебки» — прямиком в окопы Афганистана. У них было небольшое преимущество – в отличие от большинства призывников, изучивших лишь стандартный «курс молодого бойца», девятая рота в течение трех месяцев подготавливалась к боевым действиям и реалиям войны. Однако радоваться парням было нечему. Их «дрессировкой» занимался настоящий монстр, к тому же и контуженный – старший прапорщик Дыгало, Но за всеми его зверствами и нередкими срывами кроется лишь одно – желание защитить подопечных, дать им все, что знает сам, навыки, которые позволят им выжить и не стать мишенью в первые же дни. На историческую действительность картине вряд ли стоит претендовать – так как для создания большей драмы и донесения своих собственных взглядов и идеологии, режиссер Федор Бондарчук довольно свободно оперировал фактами и цифрами. Если же смотреть его без предвзятости, и именно, как драму – картина, несомненно, удалась, а уж как дебют – точно.

Автором оригинального сценария выступил Юрий Коротков, и надо заметить – он со своей задачей справился. Даже такой стандартный набор персонажей – по сути простых и понятных уже на первых минутах, нисколько не портит картину, а лишь заставляет проникнуться к ней интересом, сразу выделить своих «любимчиков», переживать. Отдельной похвалы заслуживают диалоги – настоящие, не «деревянные», что очень редко встречается в кинематографе. Ведь то, что на бумаге радует глаз и ум, при попытке воспроизведения это вслух – просто вгоняет в ступор неискренностью и наигранностью. Диалоги Короткова этим не страдают, и даже небольшое количество матерных слов вставлено именно там, где необходимо, и именно в том количестве, что требуется. Не придраться. Здесь стоит отметить – за основу Юрий Коротков брал реальные факты и события того времени. Девятая рота 345 отдельного полка ВДВ, или как ее называли «девятка» — на самом деле стала чуть ли не легендарным и не самым известным армейским подразделением за всю войну. Актеры со своей стороны также приложили все усилия – еще до съемок основной их состав встретился с ветеранами Афганской войны, для сбора информации. Некоторые из них стали прототипами реальных людей.

Съемки «9 роты» начались в конце мая две тысячи четвертого года и закончились двенадцатого октября. В общей сложности, на все передвижения съемочной группы ушло сто пятьдесят дней, из них сто одиннадцать заняли исключительно съемки. Помимо группы и основных актеров, общей сложностью в количестве полторы сотни человек, к съемкам было привлечено более двух тысяч статистов. Три четверти из них – это военнослужащие самых разных подразделений и войск.
География съемок также впечатляет своим размахом – четыре страны: Россия, Украина, Узбекистан и Финляндия. Были задействованы около двух десятков объектов этих стран, среди которых такие известные, как Старый Крым, скалы Роу, город Саки, Балаклава, Ангарский перевал. Стоит отметить, что съемочной группе активно помогали и обеспечивали всяческую поддержку на местах, причем самые высокие ведомства – начиная от министров обороны и заканчивая самими президентами .
Бюджет картины составил девять с половиной миллионов долларов – и те, кто упрекает создателей в непомерно «раздутом» бюджете и поговаривает о «распилах», видимо, не знакомы с тем, с чем пришлось столкнуться съемочной группе. Вся военная техника – от автомобилей до вертолетов была предоставлена армией. В связи с этим художникам-постановщикам пришлось полностью перекрашивать ее в соответствии с расцветкой техники тех времен. Сюда прибавляются и желто-синие, под цвет флага – учебные городки и казармы. Для этих целей была скуплен весь запас акриловой краски в Симферополе – а это, примерно 1 тонна краски. Слишком много? Но не стоит забывать о том, что потом необходимо было всей технике и строениям снова придать первозданный вид – то есть, перекрасить заново. Также, для съемок было привезено четыре вагона всевозможного реквизита, к которому прибавились закупленная в самом Афганистане одежда для моджахедов, около трехсот костюмов.

Самой дорогой сценой стал зрелищный взрыв и падение самолета. На ее подготовку ушло более двух недель и затрачено полмиллиона долларов, с учетом постобработки. А самая сложная и трудоемкая в техническом и ресурсном плане, безусловно, сцена подрыва «афганского» кишлака, занявшего территорию в два гектара. На то, чтобы его отстроить, причем по классической методике – из глины, у бригады ушло четыре месяца. Пока не начались съемки, этот объект стал любимым местом у туристов с округи, ведь он находился совсем рядом с популярным курортным поселком – Коктебелем. Когда же наступила финальная и самая ответственная стадия, ради которой все это и делалось – подрыв кишлака, неожиданно подкачала погода, и съемку перенесли. Кишлак уже был набит под завязку взрывчаткой (девять тонн), и военные организовали усиленную охрану опасной декорации. На следующий день, как только специальный человек рассмотрел и дал знак о том, что скоро будет просвет в облаках, кишлак был взорван. 
Еще один эксцесс произошел на съемках сцены «Обстрел высоты», когда случился пожар. Огонь начал распространяться так быстро, что решено было вызвать пожарников. Те приехали за минуты, признавшись, что им уже сообщили о пожаре, так как «Весь Крым знает – «9 рота» горит!».

Преследовали создателей и курьезы во время съемок сцен с вертолетами. Так, когда два вертолета совершали круг над горами в одном из карьеров Старого Крыма, чтобы сделать еще один дубль – им навстречу неожиданно вылетел дельтапланерист. С большим трудом пилотам удалось разминуться с экстремалом, который долго потом рассказывал всем желающим, что принимал участие в съемках «9 роты». Еще больших проблем могли принести Бондарчуку и его коллегам съемки в Бекетово. По задумке – вертолеты должны были очень низко пролететь со стороны Фобоса. По стечению обстоятельств, именно в тот день, в резиденции президента Украины состоялась трехсторонняя встреча глав государств. И если бы президент России не уехал раньше, то его охрана наверняка среагировала бы оперативнее, и неизвестно, чем бы это закончилось для виновных и будущего картины. В этом же случае, все отделались лишь легким испугом и вызовом режиссера Федора Бондарчука на «разбор полетов».
Финальный зрелищный и жестокий бой отсняли в Крыму, в месте под названием – Кучук-Янышар. Для того чтобы отстроить позицию, было привезено три десятка КрАЗов бута и дюжина – с облицовочным камнем. Огромные многотонные каменные глыбы привозили из того же карьера, что и камни – Старокрымского.

А однажды привезли кое-что поменьше, но не менее занятное. Один из ассистентов по подбору реквизита, вернулся из Симферополя с маленьким щенком. Собачку тут же окрестили Миной, и в течение пары дней она стала любимицей всей съемочной группы. Мине даже отвели небольшую роль в фильме. После завершения работы – собаку забрали в Москву, и там подросшая «актриса» получила вторую роль – в одном из фильмов Аллы Суриковой. 
Огромную работу на стадии постобработки провел над картиной оператор-постановщик. В те годы, российские киноделы еще не признавали цифровые камеры, и за период съемок было получено около семидесяти километров пленки! Максиму Осадчиму с ассистентами понадобилось более полутысячи рабочих часов, на то, чтобы произвести задуманную цветокоррекцию по добавлению оттенков.

Отдельного упоминания заслуживает работа со звуком. Звукорежиссер Кирилл Василенко вместе со своей группой записал в армейских частях более двадцати часов фоновых звуков — военной техники, всевозможного оружия. Его монтажом уже занимались несколько бригад специалистов. Плюс к этому – в Москве были записаны или созданы звуки, атмосферные шумы, диалоги. Были также привлечены специалисты из Питера и Австралии. Координацией и конечной обработкой полученного материала занимались в лондонской студии «Pinewood SheppertonStudios», той самой, что работала над такими фильмами, как «Падение Черного ястреба», «Чарли и Шоколадная Фабрика» и всеми без исключения частями похождения спецагента 007 – Джеймса Бонда. Дебют Федора Бондарчука – второй за всю историю российского кинематографа фильм, который прибегнул к услугам этой британской студии. Первым стала работа отца Федора – Сергея Бондарчука, «Ватерлоо», тридцать пять лет назад.

Картина «9 рота» стала самым кассовым фильмом в прокате за две тысячи пятый год. Уже за первый уикенд ей удалось практически покрыть бюджет, собрав около восьми миллионов долларов. В общей сложности – кассовые сборы составили двадцать пять с половиной миллионов. Это первый фильм, созданный в пост-коммунистической России, сборы которого превысили отметку в двадцать миллионов.
Работа Федора Бондарчука была отмечена номинациями и победами на многих российских фестивалях и премиях, среди которых: «Золотой Орел» «MTV-Россия», «Ника». «9 рота» также была представлена от России на «Оскар» в две тысячи шестом году.

В основу сценария Юрия Короткова легли реальные события. 9 рота 345-го отдельного гвардейского парашютно-десантного полка была чуть ли не самым легендарным подразделением Советской Армии в Афганистане. Многие называли ее «штрафной ротой», так как попадали туда в основном отпетые хулиганы и бывшие «трудные подростки». Но именно из «Девятки» вышло наибольшее число Героев Советского Союза.
Однажды во время съемок в Старокрымском карьере два вертолета МИ-24 делали круг над горами, чтобы снять еще один дубль. В это время им навстречу вылетел… дельтапланерист. С трудом удалось избежать столкновения. После этого случая Федор Бондарчук отправил людей по всем окружающим горам, чтобы найти место, откуда злополучный дельтаплан совершил свой полет. Стартовая площадка так и не была найдена. Зато дельтапланерист потом еще полгода с гордостью рассказывал всем историю про то, как он участвовал в съемках «9 роты».
Роль Погребняка («Хохла») могли сыграть Николай Фоменко и Владимир Машков, но в итоге ни тот, ни другой не смогли принять участия в съемках. В итоге Федору Бондарчуку пришлось примерить форму «прапора» на себя.

На протяжении всего эпизода с учебной частью будущие десантники ни разу не прыгают с парашютом и даже не проходят соответствующего курса. Нужных декораций для фильма построено не было, не оказалось их и на базе, где снималась лента.
Первоначально премьера фильма «9 рота» была запланирована на 9 мая 2005 года, день 60-летия победы советского народа в Великой Отечественной войне. Это и день рождения Федора Бондарчука.
Режиссерский дебют Сергея Бондарчука состоялся в 38 лет. Его картина «Судьба человека» вышла в прокат весной 1959 года, собрала 39 миллионов зрителей и заняла пятое место по числу проданных билетов по рейтингу журнала «Советский экран». Федор Бондарчук дебютирует как режиссер широкоэкранной ленты тоже в 38 лет.
Все десантники, принимавшие участие в бое за высоту 3234 были награждены орденами Красного Знамени и Красной Звезды.