Près de trois ans après le départ du Pr Didier Raoult, l’Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée Infection (IHU-MI) est toujours convalescent, rongé par des polémiques et des problèmes structurels. C’est ce que révèle le très sévère rapport d’évaluation publié ce mercredi 21 mai par le Haut Conseil de l’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur (Hcéres), que L’Express a pu lire en avant-première. Ses auteurs dressent un constat implacable : les dérives passées - scientifiques, éthiques et managériales - continuent de peser lourdement sur la réputation, le fonctionnement et l’avenir de l’institut marseillais. Les membres du comité d’évaluation saluent quelques progrès notables engagés par la nouvelle direction. Mais ils soulignent aussi l’insuffisance des réformes engagées, aussi bien sur le plan de la gouvernance et de l’intégrité scientifique que des résultats économiques, et appellent à "des mesures plus radicales que celles qui ont été prises jusqu’à présent".

Fondé en 2011 dans le cadre du Programme d’investissement d’avenir (PIA), l’IHU-MI devait incarner le fleuron de la recherche française sur les maladies infectieuses. Doté d’un bâtiment ultramoderne de 27 000 m² à côté de l’hôpital de la Timone (AP-HM), rassemblant soins, recherche et enseignement, l’institut a pourtant dérivé vers une gouvernance autoritaire, une production scientifique prolifique mais douteuse et une communication publique jugée "irresponsable" par le Hcéres, en particulier pendant la crise du Covid-19.

En conséquence, le comité d’évaluation adresse à la nouvelle direction de l’IHU dans son rapport plusieurs "recommandations impératives", "qui devraient être satisfaites avant toute déclaration de refinancement si l’Etat décidait d’aller dans ce sens". La principale, martelée à plusieurs reprises dans le document ? "Mettre un terme aux responsabilités de gouvernance scientifique de toute personne ayant participé à l’ancienne équipe de direction de l’IHU" et plus largement de tous les membres de l’IHU "ayant participé à des études rétractées". "La présence et le rôle dans les instances de l’Institut de certains PU-PH directement impliqués dans les dérives passées, et actuellement visés par des enquêtes, peut freiner les changements qui restent à opérer", constatent les experts.

Onze articles du nouveau directeur rétractés

De fait, l’organigramme actuel de l’IHU comprend encore "un nombre important" de proches ou anciens proches de Didier Raoult. A une seule exception près, tous les responsables des différents pôles scientifiques de l’institut ont vu une partie de leurs travaux rétractés. Les chercheurs incriminés ne sont pas nommés explicitement dans le rapport, mais Fabrice Frank, un lanceur d’alerte qui dénonce les dysfonctionnements de l’IHU depuis près de cinq ans, en tient une comptabilité rigoureuse. Son "organigramme révisé" indique le nombre de publications rétractées de chaque chercheur haut placé au sein de l’IHU. La directrice adjointe de l’Institut, le Pr Florence Fenollar, en compte sept. Le Pr Jean-Christophe Lagier, qui cumule la direction "Pôle et Soins" avec un poste au conseil d’administration, en a douze à son actif. Le Pr Matthieu Million, chargé de l’enseignement et des étudiants ? Neuf. Le Pr Jean-Marc Rolain, responsable de la valorisation ? Huit. Et onze pour le nouveau directeur de l’IHU, le Pr Pierre-Edouard Fournier, dont Didier Raoult avait été le directeur de thèse. "Cela conduit le comité à s’interroger sur l’ampleur du renouvellement des responsables et des pratiques attendus de Méditerranée Infection", notent encore les experts du Hcéres.

Faut-il s’en étonner ? Dans sa réponse au comité d’évaluation, Pierre-Edouard Fournier ne se montre pas très enthousiaste à l’idée de changer en profondeur la gouvernance de la structure : "La reformulation de cette recommandation ainsi que de certains passages du rapport sur lesquels elle se fonde nous paraît nécessaire pour éviter que cela ne soit interprété comme une remise en cause totale de la direction actuelle de l’IHU et de son action déterminée pour rétablir l’image de l’Institut", écrit-il. Manifestement, il n’a pas été entendu…

Autre "recommandation impérative", le comité d’évaluation appelle à ce que les membres de l’IHU agissent proactivement auprès des éditeurs de revues pour "réviser toutes les publications passées qui doivent l’être et assurer ainsi la correction de la science". Autrement dit, qu’ils fassent enfin eux-mêmes le ménage dans les études menées en dehors de tout cadre éthique ou réglementaire. Sont particulièrement visés, mais pas uniquement, les travaux menés pendant la crise sanitaire : "Le comité regrette que toute la lumière n’ait pas été faite sur l’existence éventuelle de falsifications scientifiques ayant entaché les résultats de l’activité de recherche de l’IHU, en particulier sur l’efficacité de l’hydroxychloroquine", notent les experts extérieurs.

Leur rapport, finalisé le 28 avril, décompte 43 publications scientifiques déjà rétractées, c’est-à-dire définitivement invalidées et écartées de la littérature scientifique. Depuis, sept autres articles ont été retirés, portant le total à 50. Et ce n’est sans doute pas fini : plusieurs centaines d’études de l’IHU se trouvent sous le coup d’enquête initiées par divers éditeurs de revues scientifiques. En cause : certaines études cliniques menées sans autorisation réglementaire, sans l’aval d’un comité d’éthique valide et/ou sans le consentement éclairé des patients. Autant de pratiques illégales dont certaines sont sanctionnées de peine de prison et de milliers d’euros d’amende selon la loi Jardé, qui encadre la recherche biomédicale. Une situation, jamais vue jusqu’alors dans un institut ou laboratoire français, qui a choqué la communauté scientifique française et mondiale.

Rappel à l’ordre

Les mauvaises pratiques ne semblent d’ailleurs pas révolues. Le Hcéres constate ainsi que la politique éditoriale passée de l’IHU - marquée par une volonté de publier un maximum d’études au détriment de leur qualité, dans des revues douteuses et prédatrices -, persiste. "La part des publications de l’IHU dans les revues aux pratiques éditoriales critiquées (Frontiers Media, MDPI) n’a cessé d’augmenter depuis 2016 pour atteindre jusqu’à 25 % de sa production scientifique répertoriées par le Web Of Science (WOS)", indique le rapport. D’où, là aussi, un sévère rappel à l’ordre : "Le comité recommande expressément à l’Institut de réduire la quantité et d‘améliorer la qualité de ses publications. Il est indispensable que la direction de l’Institut veille à ce que pour toutes ses futures publications, les personnels sélectionnent uniquement des revues reconnues et réputées pour la qualité et la rigueur de leur examen par les pairs". Signe, en creux, que ce n’est toujours pas le cas aujourd’hui…

L’autorité administrative indépendante s’inquiète également de la faible attractivité internationale de l’Institut, du manque de jeunes chercheurs, de l’absence de bourses européennes - puisque aucun crédit du Conseil européen de la recherche n’a été obtenu - et d’un modèle économique trop dépendant des dotations publiques (25 % de son budget repose sur le Programme d’investissements d’avenir). Les experts du Hcéres insistent également sur la nécessité d’assurer l’équilibre financier de l’IHU en développant des ressources propres (valorisation, mécénat…), qui ont pâti de son image très dégradée. Autant le dire tout de suite, ce n’est pas gagné : "Le comité note que le budget prévisionnel, qui atteindrait l’équilibre en 2030 repose sur un scénario très optimiste qui suppose sur cette période de cinq ans, une multiplication par trois des "research grant", par cinq des revenus des plateformes, par dix des ressources générées par le mécénat et les dons, mais aussi le maintien de la dotation PIA à hauteur de deux millions d’euros", soulignent les experts. Ils encouragent aussi la création de start-up – un des objectifs initiaux de tous les IHU de France, que celui de Marseille a du mal à tenir – et insistent pour que la direction réussisse à faire revenir l’Inserm parmi les partenaires de la structure (un impératif pour lui permettre de retrouver un certain crédit scientifique).

"C’est le rapport qu’on attendait depuis des années, il faut donc féliciter le Hcéres, analyse Mathieu Molimard, professeur de pharmacologie au CHU de Bordeaux, et l’un des principaux porte-voix des critiques de l’IHU-MI, interrogé par L’Express sur ces différentes recommandations. L’obligation du'nettoyage proactif'de la littérature scientifique de l’IHU me semble être le point le plus important : l’université d’Aix-Marseille doit maintenant prendre les devants et demander de retirer toutes les études qui ne respectent pas la loi, notamment celles sur l’hydroxychloroquine, sans attendre que les éditeurs des revues scientifiques le fassent. Et il faut aussi changer la gouvernance et éliminer les pratiques délétères. La survie de cet institut en dépend".

Dans ce contexte très délicat, les évaluateurs reconnaissent toutefois des avancées notables menées depuis 2023 par le Pr Pierre-Edouard Fournier : "Des changements récents, bien que tardifs, semblent démontrer une certaine volonté de remise à plat de l’IHU". Avec notamment la mise en place de comités d’éthique et de prévention des conflits d’intérêts, des formations progressives à l’intégrité scientifique, des mesures de prévention des risques psychosociaux et l’ouverture vers de nouveaux partenariats académiques. Encore faut-il que l’ensemble des membres de l’IHU se saisissent de ces outils, et que l’actuelle direction réussisse à mieux faire connaître ces avancées, réelles, au sein de la communauté scientifique.

Autre progrès majeur, les tutelles de l’Institut avaient aussi obtenu que tous les pouvoirs ne soient plus concentrés dans les mains du directeur comme par le passé, mais mieux répartis entre lui-même, le conseil d’administration et le conseil scientifique. Les relations avec Aix-Marseille Université et l’Assistance publique Hôpitaux de Marseille (AP-HM), autrefois conflictuelles, semblent d’ailleurs s’apaiser, indique aussi le rapport. Certains membres de l’IHU n’ont toutefois pas enterré la hache de guerre. En témoigne le tweet, publié sur X mardi 20 mai par le professeur Philippe Parola - un proche de Didier Raoult, toujours à l’IHU - dans lequel il annonce avoir porté plainte contre l’AP-HM pour "harcèlement institutionnel systémique".

Vers un changement de nom ?

Pourtant, une partie du monde politique local continue d’apporter son soutien à Didier Raoult et à ses (anciens) collaborateurs. Un soutien qui avait valu au Pr Eric Vivier, immunologiste et président du Parais Saclay Cancer Cluster, de voir sa candidature à la tête du conseil scientifique de l’IHU en 2024 retoquée après l’intervention de Renaud Muselier, le président de la région Paca, ami proche de Didier Raoult et important financeur de l’IHU. Il faut d’ailleurs lire entre les lignes du rapport pour comprendre que le Hcéres adresse un message de soutien à Eric Vivier.

En effet, l’autorité se félicite du "document stratégique 2025-2030 de l’IHU-MI" qui plaçait parmi ses priorités le développement de liens avec le Biocluster "Marseille Immunology" dont l’ancien président est… Eric Vivier. "Cette coopération pourrait être une chance pour l’IHU d’intégrer une nouvelle équipe de recherche sur les maladies immuno-infectieuses […], possiblement sous la cotutelle AMU-Inserm, permettrait le développement d’une recherche plus fondamentale sur les interactions hôtes-pathogènes qui fait aujourd’hui défaut dans l’Institut, et serait un élément fort en vue d’une ré-intégration de l’Inserm dans sa gouvernance", indique le rapport.

Si l’IHU dispose d’équipements de qualité et joue un rôle important en matière de soins et dans la formation des futurs médecins à l’échelle régionale, les chantiers restent donc immenses, aussi vastes que son image est dégradée. Le comité suggère d’ailleurs à la structure de changer de nom : une réforme certes symbolique, mais aujourd’hui probablement indispensable pour remédier aux "difficultés rencontrées par les chercheurs pour publier dans les plus grands journaux scientifiques". Par ailleurs, selon nos informations, l’enquête du Hcéres pourrait motiver la saisie du procureur de la République sur le fondement de l’article 40 du Code de procédure pénale (dénonciation de faits délictueux dont un dépositaire de l’autorité publique aurait connaissance) pour des faits de harcèlement commis par certains membres de l’IHU.

Reste que si les recommandations du Hcéres ne sont pas suivies d’effet, le paquebot construit par Didier Raoult pourrait bien finir par sombrer. Preuve des difficultés à imposer ces changements, le microbiologiste, qui n’est pourtant plus membre de l’IHU, conserve toujours un bureau au sein de l’établissement, selon plusieurs sources concordantes. "J’aimerais dire que les choses vont mieux, mais Didier Raoult est toujours là, les acteurs en place en 2020 sont toujours aux manettes et il n’y a aucune réforme de fond, témoigne ainsi un membre de l’IHU dans un mail consulté par L’Express. […] Les temps sont durs et le petit monde facultaire reste totalement fidèle à Didier Raoult…".